Au début du XIIIe siècle, la politique de Philippe-Auguste instaure de manière pratiquement définitive l'influence de l'Ile-de-France sur la Bretagne, soutenue par une administration d'origine française.Dès 1239, l'évêque de Quimper, Raynaud, lui aussi d'origine française, décide la fondation d'un nouveau chœur destiné à remplacer celui de l'époque romane. Il entame ainsi, à l'extrême ouest, le chantier d'une grande cathédrale gothique qui va s'inspirer des constructions d'Ile-de-France et devenir à son tour un lieu d'expérimentation d'où sortiront plus tard des formules adoptées par toute la Basse Bretagne.Le chœur présente quatre travées droites avec déambulatoire et chapelles latérales. Il est prolongé vers l'est d'un chevet à trois pans qui ouvre sur un rond-point formé de cinq chapelles et d'une chapelle absidale de deux travées et à chevet plat consacrée à la Vierge.La nef est formée de six travées dont une au niveau des tours de la façade et flanquée de doubles bas-côtés, un large et un étroit (fractionné en chapelles latérales) dans le prolongement des dispositions du chœur. Un transept saillant relie ces deux parties, dont l'importance rappelle le programme des grandes cathédrales d'Ile-de-France au début du XIIIe siècle.